Les risques augmentent avec les matrices qui génèrent beaucoup de résidus (goudrons, composés à haut point d’ébullition) : une fraction importante peut rester dans le tube et se relarguer ensuite (effet mémoire), parfois jusqu’à ~60 % sur certaines matrices lourdes
Les principaux coûts d'exploitation concernent les consommables (pyrofoils, coupelles, tubes en quartz, aiguilles), le gaz vecteur, la maintenance préventive et le remplacement des pièces d'usure
Le lit fluidisé est préférable lorsque l'objectif est de maximiser la fraction liquide (bio-huile) avec un chauffage rapide et homogène, et que la matière première peut être réduite à une granulométrie fine et régulière
