Les risques augmentent avec les matrices qui génèrent beaucoup de résidus (goudrons, composés à haut point d’ébullition) : une fraction importante peut rester dans le tube et se relarguer ensuite (effet mémoire), parfois jusqu’à ~60 % sur certaines matrices lourdes
Les principaux coûts d'exploitation concernent les consommables (pyrofoils, coupelles, tubes en quartz, aiguilles), le gaz vecteur, la maintenance préventive et le remplacement des pièces d'usure
