La clarification, ou traitement secondaire, consiste en une purification avant le rejet dans la nature. Le
traitement biologique des eaux usées produit des boues activées, qui sont riches en micro-organisme. Il faut donc procéder à une seconde phase de décantation afin de séparer l’eau épurée de la boue.
Les boues sont récupérées et une partie est redirigée vers le bassin d’aération. Les boues en excès sont récoltées au fond de la cuve et peuvent être revalorisées dans l’agriculteur ou servir à la production de biogaz, qui vont servir à la production d’énergie.
À l’issue de ce traitement, jusqu’à 90 % des impuretés sont éliminées. Les eaux épurées peuvent encore contenir certains polluants chimiques que les bactéries ne peuvent pas synthétiser. Elles traversent alors une série de filtres, dont des filtres à charbon actif, avant de retourner dans la nature.